Το Αρχαιολογικό Μουσείο χτίστηκε μεταξύ των ετών 1968 και 1972 στις δυτικές παρυφές του χωριού Μαυρομμάτι Ιθώμης, σε οικόπεδο τριών στρεμμάτων, που δώρισε στην εν Αθήναις Αρχαιολογική Εταιρεία ο ομογενής Δ. Λατζούνης.

Στο Μουσείο στεγάζονται ευρήματα των ανασκαφών της Αρχαίας Μεσσήνης. Αρχικά μεταφέρθηκε εκεί η παλαιά αρχαιολογική συλλογή του Μαυρομματίου, που περιελάμβανε περί τα 270 αντικείμενα (γλυπτά επιγραφές και αρχιτεκτονικά μέλη μόνο), ευρήματα από περισυλλογή και από τις ανασκαφές των Σοφούλη, Οικονόμου και Ορλάνδου.

Μεταξύ των ετών 1992 και 1998 έλαβαν χώρα εκτεταμένες εργασίες επισκευών και ανακαίνισης.

Σήμερα, οι τρεις μικρές αίθουσες του Μουσείου κρίνονται εντελώς ανεπαρκείς να στεγάσουν έστω και αντιπροσωπευτικά δείγματα από τα 17.000 και πλέον καταγεγραμμένα στο ευρετήριο του Μουσείου αντικείμενα, χωρίς να περιλαμβάνονται σε αυτά τα 8.500 περίπου νομίσματα που αποτελούν ξεχωριστή ενότητα. Τα γλυπτά ασφυκτιούν δραματικά στους περιορισμένους χώρους του Μουσείου και αδικούνται αισθητικά.

Στην Αίθουσα Α δεσπόζει το μαρμάρινο άγαλμα του Ερμή ύψους 2,32 μ. Ο αγγελιοφόρος των θεών, προστάτης του εμπορίου και των ασκούμενων νέων, εικονίζεται σε θεϊκή γυμνότητα με στάσιμο το δεξί πόδι και άνετο το αριστερό να βαδίζει προς τα αριστερά. Δίπλα στον Ερμή εκτίθεται ακέφαλο άγαλμα ιματιοφόρου άνδρα, ύψους 1,71 μ. που βρέθηκε στο ίδιο δωμάτιο ΙΧ του Γυμνασίου, πεσμένο επίσης μπροστά στο βάθρο του, δίπλα στον Ερμή. 

Στον ίδιο χώρο βρίσκεται και ο Δορυφόρος του Πολυκλείτου ο οποίος βρέθηκε το 1995 στο χώρο ΙΙΙ του Γυμνασίου μαζί με θραύσματα από τα χέρια, τις κνήμες και τα πέλματα. Αποτελεί άριστης τέχνης αντίγραφο του Δορυφόρου του Πολυκλείτου που είχε στηθεί κάπως πρόχειρα πάνω σε προγενέστερο βάθρο χάλκινων ανδριάντων. Ο δορυφόρος της Μεσσήνης έρχεται να προστεθεί στα γνωστά πλήρη ή ελλιπή  ρωμαϊκά αντίγραφα της Νεαπόλεως. Εκτίθενται επίσης ειδώλια και πλακίδια που βρέθηκαν στο Ιερό της Δήμητρος και των Διόσκουρων και αποτελούν μάρτυρες της σύνθετης λατρείας που ασκούνταν επί αιώνες στον ίδιο χώρο.

Στην Αίθουσα Β εκτίθενται κατά κύριο λόγο γλυπτά του του Μεσσήνιου γλύπτη Δαμοφώντος που βρέθηκαν στο Ασκληπιείο της Μεσσήνης και σε άλλα οικοδομήματα. Πρόσφατες έρευνες στη Μεσσήνη έφεραν στο φως κορμούς και θραύσματα από όλα τα έργα του που ήταν ανιδρυμένα στο Ασκληπιείο της Μεσσήνης: από το τρίμορφο σύνταγμα Ασκληπιού-Μαχάωνος-Ποδαλειρίου, το δεκάμορφο σύνταγμα Απόλλωνος κα Μουσών, τη Θήβα και τον Ηρακλή, την Τύχη καθώς και την Αρτέμιδα Φοσφώρο. Η Μητέρα των Θεών, κορμός γυναικείας θεότητας, σε μέγεθος λίγο μεγαλύτερο του φυσικού, βρέθηκε στα βόρεια του Γυμνασίου, εντοιχισμένο σε σύγχρονο ανάλλημα. Εκτίθενται επίσης τρία αγάλματα ιερειών Ορθίας που εικονίζουν την Καλλίδα Αριστοκλέους,την Ειράναν Νομφοδότου και την Κλαυδίαν Σίτηριν, καθώς επίσης και πέντε αγάλματα κορασίδων ντυμένων πανομοιότυπα με ποδήρεις υψηλά ζωσμένους χιτώνες. Στον ίδιο χώρο ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει κορμό εφίππου που παριστάνει πιθανόν έναν από τους Διόσκουρους, μία ερμαϊκή στήλη με αναθηματική επιγραφή που εικονίζει τον Ηρακλή με λεοντή στο κεφάλι καθώς και το σύμπλεγμα λιονταριού και ελαφιού.

Στην Αίθουσα Γ εκτίθενται το άγαλμα της Αρτέμιδος της Λαφρίας, ύψους 1,34 μ. και είναι συγκολλημένο από πολλά θραύσματα αλλά ολόκληρο. Φοράει χιτώνα που σχηματίζει βαθύ κόλπο και από πάνω ιμάτιο δεμένο στη μέση, το μαρμάρινο άγαλμα της Ίσιδος Πελαγίας ύψους 1,70 μ. και εικονίζεται σε όρθια κίνηση προς τα δεξιά και λείπουν τα άκρα των χεριών της, ενώ το κεφάλι με το λαιμό είναι ένθετα. Στην ίδια αίθουσα επίσης βρίσκεται στο άγαλμα του Ερμή και αυτοκράτορα καθώς και το λίθινο εκαταίο που εικονίζει την Αρτέμιδα σε τρεις διαφορετικούς τύπους γύρω από κιονίσκο.