Η Ιθώμη ήταν ένα αρχαίο οχυρό, στην κορυφή του ομώνυμου βουνού στην πλαγιά του οποίου είναι χτισμένο το σημερινό χωριό Αρχαία Μεσσήνη (Μαυρομάτι). Το οχυρό της Ιθώμης έπαιξε σημαντικό ρόλο στον Α’ Μεσσηνιακό Πόλεμο, προς τα τέλη του 7ου αιώνα π.Χ., ανάμεσα στη Μεσσηνία και τη Σπάρτη.

Στο χώρο της Αρχαίας Μεσσήνης έχει έρθει στο φως ολόκληρο οικοδομικό συγκρότημα αλλά και μοναδικά ευρήματα όπως το άγαλμα της Άρτεμις της Λαφρίας, ο Ερμής της Μεσσήνης κ.ά.

Ο Παυσανίας το 150 μ.Χ αναφέρει τη Μεσσήνη με το όνομα “Λίμναι”. Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας αναφέρθηκε και ως “Νησί”, όπου χρησιμοποιείται ακόμα και σήμερα. Η Μεσσήνη αναφέρεται ως το αγαπημένο μέρος της Βασίλισσας Ισαβέλλας, γνωστή και ως «Πριγκιπέσσα Ιζαμπώ». Ενώ, η Μεσσήνη του μεσοπολέμου γίνεται η μούσα του λογοτέχνη Σωτήρη Πατατζή, με το περίφημο μυθιστόρημα «Μεθυσμένη πολιτεία», το οποίο περιγράφει ένα μεγάλο μέρος από τη ζωή της πόλης στο Μεσοπόλεμο.

Η Δημοτική Ενότητα Αίπειας έλκει το όνομά της από την Αρχαία πόλη της Αίπειας η οποία ήταν ένα από «τα ευνοούμενα πτολίεθρα» που υπόσχονταν να δώσει ο Αγαμέμνονας στον Αχιλλέα σε όποια από τις τρεις κόρες του επέλεγε ως σύζυγο. Κατά τους αρχαίους χρόνους, εδώ βρισκόταν η μυκηναϊκή πόλη Αίπεια με 35.000 κατοίκους

Ο Παυσανίας ταυτίζει την Ομηρική Αίπεια με το σημερινό Πεταλίδι, το οποίο έχει χτιστεί στη θέση της Αρχαίας Κορώνης, που ιδρύθηκε από τον Θηβαίο Επιμηλίδη από την Κορώνεια της Βοιωτίας. Είχε πολλούς καλοχτισμένους ναούς αφιερωμένους στην Παιδοτρόφο Αρτέμιδα, στον Ασκληπιό και στο Διόνυσο, ενώ το ορειχάλκινο άγαλμα του Διός Σωτήρος κοσμούσε την αγορά του.